東方醫院籌建于1986年,于1999年12月12日正式開業，是北京中醫藥大學第二臨床醫學院，國家中醫藥管理局直管單位，國家中醫臨床研究建設單位，是一所特色明顯、功能齊全、設備先進，集醫療、教學、科研、預防和健康咨詢為一體的三級甲等中醫醫院，是教育部211工程建設的中醫藥大學附屬醫院，北京市醫療保險定點醫院。2011年6月，北京中醫藥大學東方醫院正式接收北京二七機車廠醫院，命名為北京中醫藥大學東方醫院西院區(二七院區)。2015年5月25日東方醫院正式簽約大興南院區，命名為北京中醫藥大學東方醫院南院區。醫院現為一院三區：即東方醫院方莊院區、東方醫院二七院區(二七院區)、東方醫院南院區。總占地面積5.68萬平方米，總建筑面積12.45萬平方米。
　　東方醫院目前編制床位為1175張，其中：方莊院區開放編制800張(目前實際開放730張);二七院區編制床位375張，將逐漸開放;南院區正在建設中。目前東方醫院日均門診量達到7500多人次。設有臨床、醫技科室38個。醫院技術力量雄厚，診療方法是以中醫為主、中西醫結合。醫院現有高級職稱204名;有博士生導師28名、碩士生導師60名;4名專家享受政府特殊津貼;8名專家被國家確定為師承制教育導師;9名專家被確定為北京市老中醫藥專家學術經驗繼承工作指導老師;另外還有一大批中青年學科、專科帶頭人。
　　東方醫院現有國家衛計委臨床重點專科中醫建設項目6個，分別是腦病科、心血管科、婦科、肺病科、脾胃病科、護理學，同時是衛生部國家腦卒中篩查與防治基地;國家中醫藥管理局重點專科項目14個，分別是腦病科、周圍血管科、腎病科、心血管科、婦科、眼科、肺病科、脾胃病科、兒科、皮膚科、耳鼻喉科、腫瘤科、護理學、預防保健科(治未病中心);有北京市中醫特色診療中心8個，分別是呼吸病中醫特色診療中心、腦病中醫特色診療中心、兒科中醫特色診療中心、推拿科中醫特色診療中心、肛腸科中醫特色診療中心、耳鼻喉科中醫特色診療中心、婦科中醫特色診療中心、治未病中心，北京市中醫藥管理局重點專科5個，分別是針灸科、骨科、內分泌科、急診科、臨床藥學;擁有醫師培訓基地2個，分別是北京中醫類別全科醫生規范化培訓基地、北京市中醫住院醫師規范化培訓基地，另有北京市中醫病案質控中心、北京市中醫技術質控中心落戶該院。
　　東方醫院重視發展中醫，特色鮮明，優勢明顯。以近百種中醫特色治療方法為主，輔之以現代化診療手段，在治療各種常見病、疑難病等方面，均有豐富的經驗和獨特的療效。為廣大患者提供了及時有效、安全便捷、周到熱情、價格合理、技術精湛的醫療服務。
　　開院至今醫院開展了包括國家“973”計劃課題、國家科技攻關(支撐)計劃課題、國家自然科學基金課題、教育部課題、國家中醫藥管理局課題、北京市課題等在內的共854項科學研究，其中主持國家級課題85項，省部級課題171項，獲各級科技成果獎61項。現擁有國家中醫藥管理局細胞分子技術三級實驗室，是國家食品藥品監督管理局藥物臨床試驗機構，并涵蓋了15個新藥臨床試驗專業。醫院目前承擔著國家教育部“211工程”三期重點學科建設項目，是國家中醫藥管理局重點研究室、北京市重點學科建設單位。中華中醫藥學會耳鼻喉科分會、中華中醫藥學會脈管病專業委員會、全國中醫性學專業委員會及北京市等多個學術團體的主任委員或托管單位。北京市“薪火工程”名老中醫楊甲三教授、劉弼臣教授、王永炎院士、韋玉英教授、王沛教授、周平安教授、廖家楨學術傳承研究及工作室站的建設單位設在東方醫院。目前，該院中醫學是國家教育部重點二級學科，其中包括中醫內科學、中醫外科學、中醫婦科學、中醫兒科學、中醫骨傷科學、中醫五官科學6個重點三級學科。“十一五”期間，國家中醫藥管理局批準該院為中西醫結合臨床、中醫婦科學建設單位，“十二五”期間新增中醫腦病學、中醫痹病學、中醫兒科學、中醫耳鼻喉科學、中醫眼科學、中醫肛腸病學、中醫周圍血管病學7個重點學科。2012年該院被批準為國家中醫藥管理局標準研究推廣基地，包括呼吸熱病、耳鼻咽喉病、心血管病、脾胃病、風濕病、腫瘤、婦科等22個專業。
　　作為北京中醫藥大學第二臨床醫學院，為國家培養了一批高素質專門人才。學院現設有中醫內科專業、中醫外科專業、中醫婦科專業、中醫兒科專業、針灸推拿專業、中西醫結合臨床專業等11個研究生招生專業，建有中醫學、中西醫結合博士后流動站，現有博士學位授權點8個，碩士學位授權點11個，共設內、外、婦、兒等19個臨床教研室，擁有醫療教學床位730張，是全國中醫藥高等教育學會臨床教育研究會的常務理事單位等。目前，醫院承擔有該校五年制、七年制中醫臨床科研方向班、七年制中西醫結合方向班和北京中醫藥大學--新加坡南洋理工大學中醫--生物雙學位項目班臨床課課堂授課、見實習、研究生教學等任務。
　　醫院裝備100萬以上的先進醫療設備共有24件。并配有現代化的手術室、監護室以及健身、藥浴、功能康復等設施。
　　醫院將以“大醫精誠、救死扶傷、患者至上”為宗旨，以“精益求精、誠信為本、弘揚國粹、傳承創新”為理念，竭誠為廣大患者服務。