中國人民解放軍第二軍醫大學第三附屬醫院（東方肝膽外科醫院，東方肝膽外科研究所），由我國肝膽外科主要奠基人和開拓者、著名肝臟外科專家、中國科學院院士吳孟超教授創建并領導，是在1956年肝臟外科三人攻關小組、1978年全國第一個肝膽外科和1996年全國第一個肝膽外科專科醫院基礎上發展起來的以肝膽外科為特色的三級甲等綜合醫院。建筑面積20萬平方米，展開床位1500張，是國內一次建成體量最大的醫院。現為國家重點學科，國家級繼續醫學教育基地，全軍肝膽外科專科中心，全軍肝膽外科研究所，國家教育部和全軍重點實驗室，軍隊“重中之重”建設學科，上海市醫學領先專業重點學科，上海市重中之重臨床醫學中心。

　　醫院長期堅持醫、教、研相結合，在原發性肝癌的早期診斷和治療，中晚期肝癌的綜合治療，原發性肝癌術后抗復發治療，腫瘤的免疫治療、介入治療，復雜膽道疾病的手術治療，肝膽疾病的內窺鏡治療以及肝移植等方面均居國內外先進水平。不僅采用傳統的外科手術治療方法，還采取了細胞治療、微波方法、射頻方法、氬氦刀方法、激光光敏技術、肝內腫瘤酒精注射療法和經股動脈至肝動脈插管加栓塞療法等。

于2015年10月18日試運行的安亭新院，是國內先進的研究型醫院，在保持現有特色學科的基礎上，建設內科等支撐學科，發展其他外科和專科，是一所設計理念先進、功能布局科學、醫療技術領先的三級甲等現代化綜合性醫院。作為第二軍醫大學實現“一體兩翼”戰略布局的“先鋒隊”，醫院匯聚了以長海醫院急診科主任何建、骨科教授康一凡、長征醫院心內科教授趙學為代表的近30名各學科領軍人物傾情加盟，給肝膽外科以強有力的支撐。醫院擁有上海首臺第五代射波刀系統等國際一線品牌的大型檢查檢驗設備，30間手術室全部為空氣凈化手術室，是國內一次性建成手術室最多的單體建筑。

　　與醫院毗鄰的國家肝癌科學中心是由吳孟超院士和我國精準治療的領軍人物王紅陽院士牽頭成立的國家級肝癌研究中心，這個中心將以安亭新院為依托，緊緊圍繞降低我國肝癌發病率、病死率的目標，精準聚焦肝癌研究領域的重大科技關鍵問題，開展肝炎、肝硬化向肝癌發展的預警與預防等轉化醫學研究，并為肝膽腫瘤的精準治療提供支持，成為國內轉化醫學和精準治療新高地。

　　醫院全年門診量24.8萬余人次，出院2.8萬余人次，手術例次7900余人次。至2015年底，吳孟超院士率領同事們已成功實施肝臟切除術2萬余例，膽道手術1萬余例，積累了國際上最大宗的肝癌病例庫和標本庫，手術成功率達98.5%;，肝癌術后5年總體生存率53.2%;，小肝癌術后5年生存率達80%;以上。術后生存時間最長的已達49年，患者至今健在。肝癌切除例數、切除率、生存率等指標均處于國際領先水平。1996年成功施行肝移植5例，最小的病人年僅9歲。其中3例均健康生活至今，有的已大學畢業。目前肝移植已成為該院常規治療方法之一。

　　醫院擁有一支由吳孟超院士領銜，以拔尖中青年為骨干的優秀科技干部隊伍，現有中國科學院院士1名，中國工程院院士1名，博士生導師33名，碩士生導師80名，高級職稱90名。1978年以來，共培養博士后22名，博士研究生112名，碩士研究生223名，并承擔外國留學生、本科、大專、中專等教學任務，多年來還為全國各地培養進修生千余名，是國內培養肝膽外科高層次人才的教學基地。1996年1月，中央軍委授予吳孟超院長“模范醫學專家”榮譽稱號。近年來，醫院有1人入選長江學者獎勵計劃特聘教授，2人入選國家“百千萬”人才工程，1人獲中國有突出貢獻博士，2人獲全國“巾幗建功”標兵，3人獲全軍“育才獎”金獎，22人獲全軍“育才獎”銀獎，2人獲總后“一代名師”、7人當選總后科技“金星”、“銀星”、“新星”人才，4人獲上海市“科技精英”稱號，5人獲上海市“銀蛇獎”，1人獲“上海教育功臣”榮譽稱號，1人獲軍隊專業技術重大貢獻獎，8人享受政府特殊津貼。

　　1996年至今，醫院共獲國家最高科學技術獎1項，國家自然科學二等獎1項，軍隊科技進步一、二、三等獎12項，軍隊醫療成果一、二、三等獎44項，上海市科技進步一、二、三等獎15項，中華醫學科技二等獎、三等獎各1項，上海市醫學科技獎一、二、三等獎11項，上海市醫療成果一等獎、三等獎各1項。陳嘉庚醫學獎1項，何梁何利基金獎2項。在研課題150項，資助經費13000萬元。舉辦各類國際、全國學術會議三十余次。

　　醫院在院長吳孟超院士的領導下，為我國肝膽外科事業的發展作出了重大貢獻。早在20世紀50年代，吳孟超等人制作和研究了200余例我國正常人肝臟標本，首次獨創性地提出了中國人肝臟解剖的新見解，創立了以“五葉四段”為特色的肝臟外科解剖理論，為肝臟外科的開展奠定了重要的解剖學基礎。60年代初期，他發明了簡便、安全的肝臟外科手術新方法——常溫下間歇肝門阻斷切肝法，明顯減少了肝臟手術出血，大大縮短了肝臟手術時間。1963年，吳孟超采用了常溫下間歇肝門阻斷法實施中肝葉切除術獲得成功，成為肝臟外科的一大突破，進一步提高了肝癌及其他肝臟病癥的外科療效。1975年，吳孟超成功地切除了迄今為止世界上最大的重達18公斤的特大肝海綿狀血管瘤，并發明了捆扎治療血管瘤的新方法，使外科治療肝海綿狀血管瘤的成功率達到100%;。他還創立了用肝動脈插管、栓塞、結扎的方法治療不能切除的肝癌，在中、晚期肝癌治療上取得了明顯療效。他曾帶領課題組在上海開展了18萬人次的高危人群肝癌普查，研究早期發現肝癌，使許多早期肝癌病人得到及時發現和治療，并使臨床確診率提高到90%;以上。吳孟超教授還提出了兩個重要觀點，即肝癌切除后復發再手術和肝癌二期手術。肝癌切除后復發再手術次數最高達5次；采用肝動脈阻斷使不能手術切除的大肝癌縮小后，再行二期切除，療效較佳。他又在我國首先采用了常溫下無血切肝術，再次提高了手術成功率。其后，他又開展了小兒肝臟外科研究，成功地為12例4~12個月嬰兒切除了重達800～1300克的巨大肝母細胞癌，除1例術后2年死亡外，其余患兒均健存，其中一例現已29歲。他還不間斷地開展了半離體肝切除術、等離子手術刀、微波治療肝癌、免疫綜合療法、單克隆抗體導向定位診斷和導向治療、順鉑微球化療等一系列新技術、新方法，并開始提出免疫化學治療的新觀念和治療措施。進入90年代后，吳孟超教授又帶領他的學生們開始與國外聯合研究肝癌免疫治療這一重大項目，并于1993年底獲重大進展，研制出可使免疫系統識別并殺死肝癌細胞的新型疫苗，這種疫苗在大鼠體內實驗成功。同時，他繼續開辟肝臟手術的新領域，成功地開展了高難度的腹腔鏡下肝癌、肝海綿狀血管瘤切除術、肝破裂修補術和肝動脈結扎術，均為世界首例。

　　吳孟超教授領導的東方肝膽外科研究所作為軍隊科研、醫學和教學的中心，1979年、1981年分別被批準為國家恢復研究生制度后的第一批碩士、博士授權點學科，1989年被批準為國家重點學科和軍隊開放實驗室，1991年被批準為軍隊重點實驗室和臨床醫學博士后流動站。研究所下設腫瘤免疫與基因治療研究所、生物信號轉導研究中心、分子腫瘤研究室、病毒與基因治療實驗室，同時承擔了國家、軍隊和地方的許多重大科研課題，在肝膽外科及肝癌的基礎和臨床研究方面始終起著科研導向作用。